Евгений Родионов был убит в плену чеченцами 23 мая 1996 года. В убийстве признался Руслан Хайхороев. В присутствии иностранного представителя ОБСЕ он рассказал: «…У него был выбор, чтобы остаться в живых. Он мог бы веру сменить, но он не захотел с себя креста снимать. Бежать пытался…».

23 мая, после 100 дней плена и жестоких пыток, Евгению Родионову и его сослуживцам было предложено снять нательный крест и принять ислам. После отказа Андрея Трусова, Игоря Яковлева и Александра Железнова расстреляли, а еще живому 19-летнему Евгению Родионову отрезали голову. Вскоре после захвата в плен Евгения его мать, Любовь Васильевна, приехала в Чечню на поиски сына: парня заподозрили в дезертирстве. Его командир сообщил ей, что он в плену, но не проявил никакого участия к его судьбе. У матери получилось выйти на связь с Басаевым, тот при всех пообещал ей найти сына, но, когда она вышла из селения, её догнал брат Басаева и жестоко избил до полусмерти. В конце концов, несчастная женщина вынуждена была заплатить боевикам деньги, чтобы узнать место захоронения сына.

Тело Евгения мать опознала по нательному кресту. Позже результаты опознания подтвердила экспертиза.
Евгений Родионов похоронен близ деревни Сатино-Русское Московской области, возле церкви Вознесения Христова. Пограничник, не предавший свою веру, был награжден орденом Мужества и орденом «Слава России» (посмертно).

В конце 2003 года стали звучать предложения о канонизации Евгения Родионова. Но в канонизации парня было отказано: никаких свидетелей и свидетельств о мученической кончине, кроме матери Родионова, нет. Но постепенно он стал объектом «народной канонизации». В городе Кузнецке Пензенской области был открыт и освящён памятник Евгению Родионову: бронзовая свеча, пламя которой обнимает фигуру Евгения; вокруг головы Евгения — нимб, в руках у него восьмиконечный крест. Памятник установлен на территории школы, носящей имя Евгения Родионова.

Евгений Родионов является местночтимым святым в Астраханской митрополии и Сербии. Евгения поминают как мученика – Евгения Воина. В десятках церквей, в том числе и в московском храме Христа Спасителя, находятся его иконы, сообщает Рамблер. В мае 2011 года он был включён как «новомученик Евгений Воин» в воинскую панихиду для совершения поминовения погибших воинов в день Усекновения главы Иоанна Предтечи и Димитриевскую субботу. Его именем названа улица в Москве.